GPTcelltype——scRNA-seq注释

#安装包
install.packages("openai")
remotes::install_github("Winnie09/GPTCelltype")
#填写API
Sys.setenv(OPENAI_API_KEY = 'your_openai_API_key')
#加载包
#Load packages
library(GPTCelltype)
library(openai)
#准备文件
#Assume you have already run the Seurat pipeline https://satijalab.org/seurat/
#"obj" is the Seurat object; "markers" is the output from FindAllMarkers(obj)
#Cell type annotation by GPT-4
##注释
res <- gptcelltype(markers, model = 'gpt-4')
##添加到metadata
# Assign cell type annotation back to Seurat object
obj@meta.data$celltype <- as.factor(res[as.character(Idents(obj))])
##可视化
# Visualize cell type annotation on UMAP
DimPlot(obj,group.by='celltype')

下面是代码逐行详细解释及中文翻译：

```r
#安装包
install.packages("openai")

这行代码安装openai包，这是一个与OpenAI API交互的R包。

• 中文翻译：安装openai包，这是一个与OpenAI API交互的R包。

remotes::install_github("Winnie09/GPTCelltype")

这行代码使用remotes包从GitHub安装名为GPTCelltype的包，GPTCelltype包提供了一些功能来注释细胞类型。

• 中文翻译：使用remotes包从GitHub安装GPTCelltype包，该包提供细胞类型注释功能。

#填写API
Sys.setenv(OPENAI_API_KEY = 'your_openai_API_key')

这行代码设置环境变量OPENAI_API_KEY，用于存储你的OpenAI API密钥。务必替换'your_openai_API_key'为你的实际API密钥。

• 中文翻译：设置环境变量OPENAI_API_KEY，用于存储你的OpenAI API密钥。确保替换为你的实际API密钥。

#加载包
#Load packages
library(GPTCelltype)
library(openai)

这两行代码加载之前安装的两个R包：GPTCelltype和openai，以便可以使用它们的功能。

• 中文翻译：加载之前安装的两个R包：GPTCelltype和openai，以便能够使用它们的功能。

#准备文件
#Assume you have already run the Seurat pipeline https://satijalab.org/seurat/

这段注释说明在运行后续代码之前，用户需要先使用Seurat分析工具对数据进行预处理。

• 中文翻译：假设你已经运行了Seurat管道以处理数据。

# "obj" 是 Seurat 对象; "markers" 是来自 FindAllMarkers(obj) 的输出

这条注释进一步说明了obj是Seurat对象，而markers是通过FindAllMarkers(obj)函数获得的标记基因数据。

• 中文翻译："obj" 是 Seurat 对象；"markers" 是来自FindAllMarkers(obj)的输出。

#Cell type annotation by GPT-4
##注释
res <- gptcelltype(markers, model = 'gpt-4')

这里调用gptcelltype函数使用GPT-4模型对细胞标记进行注释，将结果存储在res变量中。

• 中文翻译：使用GPT-4模型进行细胞类型注释，将结果存储在res变量中。

##添加到metadata
# Assign cell type annotation back to Seurat object
obj@meta.data$celltype <- as.factor(res[as.character(Idents(obj))])

这行代码将注释结果res所对应的细胞类型赋值给Seurat对象obj的meta.data属性中的celltype列。

• 中文翻译：将细胞类型注释结果赋值回Seurat对象的meta.data中。

##可视化
# Visualize cell type annotation on UMAP
DimPlot(obj, group.by='celltype')

最后这行代码使用DimPlot函数在UMAP图上可视化细胞类型注释，以celltype作为分组依据。

• 中文翻译：在UMAP图上可视化细胞类型注释，以celltype作为分组依据。
  ``

原文中考虑到network相关问题，推荐了另外一个平替

参考：
https://mp.weixin.qq.com/s/xPQQ5v8nIWU1DwfdAxjdfw