一.Why cellranger
Cell Ranger 是由 10x Genomics 公司开发的一款用于处理其单细胞测序（single-cell RNA-seq, scRNA-seq）数据的软件套件。它主要用于将原始测序数据（fastq 文件）转换为可以用于下游分析的格式，比如基因表达矩阵等。
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二、Cell Ranger 能做什么？
1. mkfastq
将 Illumina BCL 文件转换为 FASTQ 格式（调用 bcl2fastq）
2. count
这是最核心的模块：将 FASTQ 数据 → 表达矩阵
包括：
-
- demultiplex（识别 barcode）
- 去除 PCR duplication（用 UMI）
- 比对（用 STAR）
- 定量分析，输出表达矩阵和 QC 报告
3. aggr
聚合多个样本（library）分析结果，用于整合多个数据集，统一分析
4. reanalyze
用于对 count 结果再次降维和聚类（不重新比对）
5. vdj
分析 TCR/BCR 重排（如果是免疫相关测序）
三.如何安装cellranger
计算机配置要求：本教程使用ubuntu系统演示
CPU |
至少 8 核，推荐 16 核以上 |
内存 |
至少 64 GB，推荐 128 GB |
硬盘 |
每个样本可能需要 100 GB 空间（中间文件很多） |
【步骤1】首先你需要通过finalshell登录服务器
【步骤2】通过 10xgenomics 官网 找到软件 Cell Ranger
www.10xgenomics.com/software
【步骤3】复制安装代码
然后复制安装命令粘贴到 finalshell控制台
异常情况1
请切换到wget命令
异常情况2
网络卡住没有进度条？ 请用control+c 键kill 重试
【步骤4】下载完成后依次执行
## 解压软件安装包
tar -xzvf cellranger-9.0.1.tar.gz
## 移动到指定目录
sudo mv cellranger-9.0.1 /opt/【步骤五】环境变量（请完整复制 不要修改【如果你版本号调整自行修改】）
echo 'export PATH=/opt/cellranger-9.0.1:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc测试是否安装成功
cellranger --version如果输出了 cellranger 9.0.1，说明安装成功。
软件使用模版【测试分析流程】自行调整
cellranger count --id=sample1 \
--transcriptome=/path/to/refdata-gex-GRCh38-2020-A \
--fastqs=/path/to/fastqs \
--sample=sample1结束
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