2025.06.24【R语言】|clusterProfiler安装与常见报错FAQ全解

一、clusterProfiler安装方法

安装方法简单过一遍

1. Bioconductor官方推荐

在R或RStudio中运行：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")

2. Conda安装（个人推荐 适合服务器/依赖复杂环境）

conda install -c bioconda bioconductor-clusterprofiler

3. 检查安装

library(clusterProfiler)
packageVersion("clusterProfiler")

二、常见依赖包安装

• 人类注释包：org.Hs.eg.db
• 小鼠注释包：org.Mm.eg.db
• 大鼠注释包：org.Rn.eg.db

安装示例：

BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

三、常见报错与解决方案

1. 报错：could not find function "bitr"

原因：未成功加载 clusterProfiler 包。需要回溯看加载记录，在加载过程中有什么报错

解决：

library(clusterProfiler)

2. 报错：there is no package called ‘qvalue’

原因：缺少依赖包 qvalue。

解决：

BiocManager::install("qvalue")

3. 报错：Error: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ ... there is no package called ‘DOSE’

原因：缺少依赖包 DOSE。

解决：

BiocManager::install("DOSE")

4. 报错：Error in enrichKEGG: organism not supported

原因：organism参数填写错误或不支持。我的这篇文章2021.05.17【R语言】丨clusterProfiler注释表——KEGG/GO enrich富集图专用介绍了常见物种缩写名称

解决：

• 人类用organism = "hsa"，小鼠用organism = "mmu"，大鼠用organism = "rno"等。
• 可用search_kegg_organism('Homo sapiens', by='scientific_name')查询支持的物种。

5. 报错：--> Expected input gene ID:(没有显示示例)

原因：R版本过低（已不支持R 3.X版本）

解决：

• 创建新环境，使用R >=4.2版本

6. 报错：Error in .testForValidKeys(x, keys, keytype, fks) : some keys are not valid

原因：输入的基因ID类型与数据库不匹配。

解决：

• 用bitr函数转换ID类型，如Ensembl转Entrez：

gene.df <- bitr(genes, fromType = "ENSEMBL", toType = "ENTREZID", OrgDb = org.Hs.eg.db)
entrez_ids <- gene.df$ENTREZID

7. 报错：Error in enrichGO: gene ID type is not supported

原因：keyType参数与输入ID类型不符。

解决：

• 检查keyType参数是否与输入ID类型一致（如ENTREZID、ENSEMBL等）。

8. 报错：Error in barplot: object 'kk' not found

原因：富集分析结果对象未生成，可能是输入基因数太少或无显著通路。

解决：

• 检查输入基因数量和ID类型。
• 检查enrichGO或enrichKEGG结果是否为空。
• 如果为空，尝试调整差异分析的参数阈值，增加基因数量

9. 报错：Error in .local(x, ...) : unused argument (showCategory = 10)

原因：包版本过低，不支持新参数。

解决：

• 升级 clusterProfiler 包：

BiocManager::install("clusterProfiler")

10. 报错：Error in install.packages : package ‘clusterProfiler’ is not available

原因：直接用install.packages()安装，Bioconductor包需用BiocManager::install()。

解决：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")

四、常用分析流程小结

1. ID转换（如Ensembl转Entrez）：

   gene.df <- bitr(genes, fromType = "ENSEMBL", toType = "ENTREZID", OrgDb = org.Hs.eg.db)
   entrez_ids <- gene.df$ENTREZID
   

2. GO富集分析：

   ego <- enrichGO(gene = entrez_ids, OrgDb = org.Hs.eg.db, keyType = "ENTREZID", ont = "BP")
   

3. KEGG富集分析：

   kk <- enrichKEGG(gene = entrez_ids, organism = 'hsa')
   

4. 可视化：

   barplot(kk, showCategory=10)
   dotplot(kk, showCategory=10)
   

五、参考资料

• clusterProfiler官方手册
• Bioconductor clusterProfiler主页