conda 使用教程

针对 ubuntu20.04
ubuntu20.04 是 “西柚云” 主要使用的操作系统, 西柚云官网

虚拟环境管理

1. conda env list （列出虚拟环境信息）
2. conda create -n <env_name> (创建虚拟环境)

   # 命令示例
   conda create -n py38
   conda create -n py39 python=3.9  # 官方推荐使用这种方式
   conda create -n py39_2 -y && conda install python=3.9
   
   # 比较两种创建方式有何不同
   diff miniconda3/envs/py39 miniconda3/envs/py39_2
   

3. conda activate <env_name> (进入虚拟环境)

   # 命令示例
   conda activate py39
   

4. conda deactivate <env_name> (退出虚拟环境)

   # 命令示例
   conda deactivate py39
   

5. conda remove -n <env_name> --all 删除虚拟环境

   # 命令示例
   conda create -n test -y
   conda env list | grep test
   conda remove -n test --all
   conda env list
   

6. 导出虚拟环境

   # 适用于在相同操作系统下迁移 clone 虚拟环境
   conda list --explicit > spec-list.txt
   # 适用于所有平台之间 clone 虚拟环境
   conda env export > environment.yml
   

7. 根据导出的文件创建虚拟环境

   # 代码示例
   # 根据导出包创建 env_name1 的虚拟环境
   conda create -n env_name1 -f spec-list.txt
   # 在已经创建的虚拟环境中安装文件中对应的包
   conda install -n env_name1 -f spec-file.txt
   conda env create -f environment.yml
   

channels 管理

conda 处理 channels 的优先级的步骤

1. 按通道优先级从高到低对包进行排序。
2. 将捆绑的软件包（具有相同通道优先级的软件包）从最高版本号到最低版本号排序。例如，如果 channelA 包含 NumPy 1.12.0 和 1.13.1，则 NumPy 1.13.1 将被排序更高。
3. 将仍然绑定的软件包（具有相同通道优先级和相同版本的软件包）从最高到最低内部版本号排序。例如，如果 channelA 同时包含 NumPy 1.12.0 build 1 和 build 2，则 build 2 首先排序。通道B 中的任何包都将排在通道A 之下。
4. 安装排序列表中满足安装规范的第一个包

1. 列出 conda 中配置的 channels，根据从低到高的优先级排列

   conda config --show channels 
   

2. 添加 channels，添加国内的 channel 也就是我们常说的添加国内源

   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
   

3. 删除 channels
   • 方法 1 （通过命令删除）：

     # 首先查看 channels
     conda config --get channels
     # 删除指定的 channels
     conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
     

   • 方法 2 （编辑 .condarc 文件删除想要删除 channels 对应的行）

     vi ~/.condarc
     

4. 安装包时暂时添加 channels，此 channels 处于最高优先级

   conda install -c bioconda presto
   

包管理

使用 conda 安装包之前，需要在以下链接中搜索 conda 包，找到安装对应包的命令后再进行安装
搜 conda 包

1. conda list （查看当前虚拟环境已经安装的包）
2. conda install <package_name>

   # 命令示例
   conda install --help
   # -y: yes
   conda install requests -y
   # -c: 临时增加一个 channel ，并且增加的 channels 会处于最高优先级
   conda install -c bioconda presto
   # -vv
   conda install numpy -y -vv
   # 后台下载
   nohup conda install pandas -y &
   

3. conda 官方建议，使用 conda 安装的 python包和使用 pip 安装的 python 包是有略微不同的，如果可能，尽量使用 conda 来安装包。参考链接
   • 在 conda 4.6 以后，conda 可以识别 pip 安装的 python包，不过目前这一功能还处于实验阶段。
   • 在 conda 中应该优先使用 conda 安装包，不要混用 conda 和 pip，可以设置一个虚拟环境专门用户 pip 管理 python包
   • conda 和 pip 都可以根据文件批量安装 python 包

     pip freeze > requiremets.txt 
     pip install -r requirements.txt
     conda install -n env_name --file requirements.txt
     

配置管理

1. conda config --show

   # 查看 channels
   conda config --help
   conda config --get channels
   conda config --remove <key> <value>
   

我们不能记住那么多配置项的作用，如果需要可以查阅 conda 官方教程
conda 配置项的作用