医学大数据|R|竞争风险模型:可视化与图像优化

前情回顾：

医学大数据|R|竞争风险模型：基础、R操作与结果解读-CSDN博客

代码复习，但是大家可见得知道图画的比较丑。

library("survival")
library("cmprsk")
library("mgus2")
data(mgus2)
#预处理
mgus2<-as.data.frame(mgus2)
data<-as.data.frame(mgus2)

mgus2$etime <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, futime, ptime))  #当pstat==0时，etime=futime，否则etime=ptime 
#实际上这个地方，etime当发生竞争事件的时候，比如发生死亡，那么etime等于0-死亡时间
#当没有发生竞争事件的时候，etime等于0-跌落时间

mgus2$event <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, 2*death, 1)) #当pstat==0时，event=2*death ，否则event=1
# 0 1 2 labels分别对应("censor", "pcm", "death")
event <- factor(event, 0:2)
单因素分析(cuminc)
cumic1<- cuminc(etime,event)

plot(cumic1,xlab = 'Month', ylab = '单因素的Fine-Gray检验',lwd=2,lty=1,
     col = c('red','blue'))
     
legend(0,800,
       c("PCM","death"))
print(cumic1)
cumic2<- cuminc(etime,event,mgus2$sex)
print(cumic2)
plot(cumic2,xlab = 'Month', ylab = '单因素的Fine-Gray检验',lwd=2,lty=1,
     col = c('red','blue','black','forestgreen'))

#多因素分析
dt<-na.omit(mgus2)
dt<-as.data.frame(dt)
cov <- data.frame(age = dt$age,
                  sex = ifelse(dt$sex=='M',1,0), ## 设置哑变量
                  hgb = dt$hgb) 
##构建多因素的竞争风险模型。此处需要指定failcode=1, cencode=0,
#分别代表结局事件赋值1与截尾赋值0，其他赋值默认为竞争风险事件2。

fit<- cuminc(dt$etime,dt$event,dt$sex)
summary(dt)
crr<-crr(dt$etime, dt$event, cov, failcode=1, cencode=0)
print(crr)
 

所以我们接下来进一步优化。

在上述的基础上，我们知道我们完成了结果呈现，我们可以从得出单因素结果开始，

把结果的数值导出

event <- data.frame(event_time = cumic1[[1]][[1]], event_c = cumic1[[1]][[2]])
death <- data.frame(death_time = cumic1[[2]][[1]], death_C = cumic1[[2]][[2]])

怎么选择x和y的画布的最小值和最大值呢，可以用summay或者table中的描述性统计的结果

table(event$event_time)

table(event$event_time)

结果如下:

0   2   4   5   6   8   9  10  11  12  13  14  16  17  21  22  23  29  30  33  34  35  36 
  1   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2 
 38  39  42  44  45  51  52  56  57  60  61  62  63  67  69  70  73  74  76  79  80  81  83 
  2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2 
 84  86  90  91  93  97  98 101 102 109 111 114 116 118 121 123 124 128 135 138 142 147 150 
  2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2 
152 153 158 161 165 166 168 179 180 188 190 198 201 228 238 259 275 312 340 373 424 
  2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   1 

你会发现最大值为424，所以我们x最大值选择450k爱是

发现最大结果为0.16和0.8，因此我们选择最大的结果为0.8387

开始画原始的图

p1<-ggplot(event, aes(event_time, event_c)) +
  geom_line(color = "#ff4e00", linewidth = 0.7) +
  scale_color_manual(values = "#440154FF") +
  labs(x = "time", y = "单因素的Fine-Gray检验") +
  scale_y_continuous(limits = c(0,1),expand = c(0,0))+
  scale_x_continuous(limits = c(0,450),expand = c(0,0))+
  theme_bw() +
  theme(legend.position = "top")
print(p1)

summary(death$death_C)
p2<-ggplot(death, aes(death_time, death_C)) +
  geom_line(color = "#440154FF", linewidth = 0.7) +
  scale_color_manual(values = "#440154FF") +
  labs(x = "time", y = "单因素的Fine-Gray检验") +
  scale_y_continuous(limits = c(0,1),expand = c(0,0))+
  scale_x_continuous(limits = c(0,450),expand = c(0,0))+
  theme_bw() +
  theme(panel.background = element_rect(fill = NA),#去除背景这一步很关键，否则后续合并图像会导致背景覆盖不显示
        legend.position = "top")
print(p2)

首先我们要把这两张图画出来

print(p1)

print(p2)

1.假如你想画在两侧

cowplot::plot_grid(p1,p2,ncol = 2)

结果如下

2》我是想画在同一个画面里

##分别获取基于ggplot绘制的两张图象

g1 <- ggplotGrob(p1)
g2 <- ggplotGrob(p2)
pos <- c(subset(g1$layout, name == "panel", select = t:r))
library(gtable) # Arrange 'Grobs' in Tables
library(grid) # The Grid Graphics Package
g <- gtable_add_grob(g1, g2$grobs[[which(g2$layout$name == "panel")]], 
                            pos$t, pos$l, pos$b, pos$l)
plot(g)

结果如下：

最后再进行美化就好了

整体代码复习如下：

rm(cumic)
library("survival")
library("cmprsk")
library("mgus2")
data(mgus2)
#预处理
mgus2<-as.data.frame(mgus2)
data<-as.data.frame(mgus2)

mgus2$etime <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, futime, ptime))  #当pstat==0时，etime=futime，否则etime=ptime 
#实际上这个地方，etime当发生竞争事件的时候，比如发生死亡，那么etime等于0-死亡时间
#当没有发生竞争事件的时候，etime等于0-跌落时间

mgus2$event <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, 2*death, 1)) #当pstat==0时，event=2*death ，否则event=1
# 0 1 2 labels分别对应("censor", "pcm", "death")
event <- factor(event, 0:2)
单因素分析(cuminc)
cumic1<- cuminc(etime,event)
plot(cumic1,xlab = 'Month', ylab = '单因素的Fine-Gray检验',lwd=2,lty=1,
     col = c('red','blue'))


event <- data.frame(event_time = cumic1[[1]][[1]], event_c = cumic1[[1]][[2]])
death <- data.frame(death_time = cumic1[[2]][[1]], death_C = cumic1[[2]][[2]])

table(event$event_time)
summary(event$event_c)

p1<-ggplot(event, aes(event_time, event_c)) +
  geom_line(color = "#ff4e00", linewidth = 0.7) +
  scale_color_manual(values = "#440154FF") +
  labs(x = "time", y = "单因素的Fine-Gray检验") +
  scale_y_continuous(limits = c(0,1),expand = c(0,0))+
  scale_x_continuous(limits = c(0,450),expand = c(0,0))+
  theme_bw() +
  theme(legend.position = "top")
print(p1)

summary(death$death_C)
p2<-ggplot(death, aes(death_time, death_C)) +
  geom_line(color = "#440154FF", linewidth = 0.7) +
  scale_color_manual(values = "#440154FF") +
  labs(x = "time", y = "单因素的Fine-Gray检验") +
  scale_y_continuous(limits = c(0,1),expand = c(0,0))+
  scale_x_continuous(limits = c(0,450),expand = c(0,0))+
  theme_bw() +
  theme(panel.background = element_rect(fill = NA),#去除背景这一步很关键，否则后续合并图像会导致背景覆盖不显示
        legend.position = "top")
print(p2)

cowplot::plot_grid(p1,p2,ncol = 2)


##分别获取基于ggplot绘制的两张图象
g1 <- ggplotGrob(p1)
g2 <- ggplotGrob(p2)
pos <- c(subset(g1$layout, name == "panel", select = t:r))
library(gtable) # Arrange 'Grobs' in Tables
library(grid) # The Grid Graphics Package
g <- gtable_add_grob(g1, g2$grobs[[which(g2$layout$name == "panel")]], 
                            pos$t, pos$l, pos$b, pos$l)
plot(g)

责任编辑：医学大数据刘刘老师：头部医疗大数据公司医学科学部研究员

邮箱：897282268@qq.com

久菜盒子工作室 我们是：985硕博/美国全奖doctor/计算机7年产品负责人/医学大数据公司医学研究员/SCI一区2篇/Nature子刊一篇/中文二区核心一篇/都是我们

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擅长软件：R/python/stata/spss/matlab/mySQL

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