JET毛选学习笔记:如何利用《矛盾论》从做实验到做科研vol. 3

发布于:2024-05-03 ⋅ 阅读:(33) ⋅ 点赞:(0)

上一节讲了矛盾的同一性和斗争性,分享了一些自己关于“对立统一”的“暴论”。这一节,来分享的内容是主要矛盾和次要矛盾。

六、主要矛盾和次要矛盾

马列主义毛泽东思想教育下的我们,对两个概念应该很熟悉啦,不过大多是知其然不知其所以然。来看看原文的相关描述:“在复杂的事物的发展过程中,有许多的矛盾存在,其中必有一种是主要的矛盾,由于它的存在和发展规定或影响着其他矛盾的存在和发展。”

说的挺清楚了,我们在复习一遍:在复杂事物中包含多个矛盾,它们的地位和作用是不平衡的。其中,必有一个矛盾处于支配地位,对事物的发展起决定作用,这个矛盾就是主要矛盾。其余的就是次要矛盾,次要矛盾是处于服从地位的矛盾。

大家可能会有疑问:真的就只有一个主要矛盾么?回答是:没错,在一个时间段,有且只有一个主要矛盾。有鸡贼的同学可能看出了这句话的另一个含义:那就是主要矛盾是会变的,所以才会说在某一个具体的时间段。也就是上一节我们说的,在特定条件下,矛盾之间会相互转换,以前的主要矛盾会转变成次要矛盾,以前的次要矛盾会转变成主要矛盾。

那有什么用呢?教员说:“因此,研究任何过程,如果是存在着两个以上矛盾的复杂过程的话,就要用全力找出它的主要矛盾。捉住了这个主要矛盾,一切问题就迎刃而解了。”所以,我们在研究如何解决问题前,需要进行矛盾分析,找出主要矛盾,然后才是针对主要矛盾去制定解决方案。当然,具体到某个主要矛盾的时候,它本身又可以进行拆分,也就是第二个重要概念:矛盾的主要方面。

矛盾的主要方面是指在一个矛盾的两个方面中,它们的地位和作用是不平衡的。其中处于支配地位,决定事物性质的矛盾方面,叫做矛盾的主要方面。处于被支配地位的,就叫做矛盾的次要方面。

到这里,方法论应该清晰了:梳理出主要矛盾和次要矛盾,再判断出主要矛盾的主要方面。然后集中优势兵力,解决主要矛盾,那么,其他的问题都迎刃而解(或者是在解决下一个主要矛盾)。大家是不是觉得这我都懂,那你们高兴的太早了,还没完抓住主要矛盾的同时,也是兼顾次要矛盾。为啥?因为在特定条件下,矛盾会相互转换滴。

好了,概念介绍完了,开始逐点解析(侃大山)

(一)抓住主要矛盾

还记得上上节举的案例不?王五童鞋的困惑:

同时安排多个实验,一个实验多个分组,刷刷刷,便产出了几百兆的数据,分析发现数据质量不太行,组间组内差距都挺大。

看了上面的理论,再看这个案例,大家看出问题了不?那就是同一个时间段内,该童鞋觉得所有实验都是主要矛盾,也就是“所有方向都是主攻方向”,人呐,精力是有限的,这么搞不就大脑过载了。写到这,想到之前一个大佬在介绍PPT经验的实验说过:“有些同志啊,PPT上的字体70%都标红了,全是重点那就是没有重点”,好像有点异曲同工?

按照惯例,我继续举自己做科研的栗子吧:之前说的从可变剪切的角度探索真菌与巨噬细胞悖论的分子机制。

(1)主要矛盾:可变剪切的理解和检测

很好理解,要研究可变剪切,你得知道它是啥?有什么作用?如何检测?需要做什么实验?这就是现阶段的主要矛盾。解决办法就是调查咯,去看文献,看公众号,问大预言模型,互联网时代如何高效收集信息也是一种能力。广泛地阅读后,开始进行共性的抽象分析:可变剪切发生在转录后,前体mRNA会被剪短或者增长,从而影响最终翻译成的蛋白功能,普通的RNA-seq测序就能分析。

此时,第一个主要矛盾基本解决,然后衍生出第二个主要矛盾:RNA-seq测序的生信分析我不会。解决方案就是去找大佬求助咯(懒得学了)。幸运的是,大佬帮我分析好了,直接把结果数据打包发了给我。

(2)主要矛盾:关键可变剪切体的筛选

拿到数据后,第三个主要矛盾出现了:我不会看结果。也不好老是打扰大佬,就开始自己学1-2周,当然,在学习过程中,我也是有特定目标的:如何高效筛选出发挥关键作用的可变剪切体及其调节因子?紧紧围绕这个目标折腾出自己的思路和理解以后,去找大佬讨论,进一步把目标定到了可变剪切体NCOR2-013。

这一步很容易掉到生信数据的海洋中迷失自我。做过生信分析的童鞋应该知道,该方法是毕业论文凑字数的好方法,差异分析、通路富集等各种算法就能展示出好多个图,性价比极高。但是对于不太熟悉的童鞋来说,就容易陷进去,因为图表太多了,一时半会又看不懂,便无从下手。此时,一定要紧紧抓住主要矛盾,你要解决什么问题?然后针对性的去制定筛选策略即可。

比如我要找与真菌-巨噬细胞互作相关的可变剪切体,初步设想是真菌利用这个可变剪切体抑制巨噬细胞的杀伤作用。那么我们可以这么去思考:可变剪切吧,有很多类型,但是有一种是最常见的,就是把原本的mRNA剪短了,mRNA短了,翻译出来的蛋白也就少了点区域,那是不是会影响原本蛋白的功能,从而影响巨噬细胞的功能呢?因此,我们的最终目的又更加具象化了:那就是通过某种策略,找到某个因子,它的mRNA被截短了。然后呢,再加一层码,最好是这种可变剪切体,本来没有,加了真菌才会出现,是不是意义更大?按照这个思路,我们最终找出了NCOR2-013。至于那些什么差异可变剪切基因富集的GO图、KEGG图、GSEA图,基本不会看。

通过上面的折腾,我们确定了研究的重点:NCOR2-013。再啰嗦几句,其实这一步非常重要,但是很多童鞋会忽视。做文献汇报的时候,我最喜欢问的问题就是:作者为什么研究这个因子?是用什么策略筛选和鉴定出来的?一般高质量的文章,它的第一步都是用某种很奇特的策略去找出最关键的因子来研究,其实就是去找主要矛盾。而不是这会焦亡热点,就去跑焦亡因子,那会铁死亡热点,就去跑铁死亡因子,不是说不行,但这种脱离主要矛盾的追逐吧,一个是很累,一个是风险很大(一个热点的周期5年左右,你确定你能追得上)。只有锚定了主要的科学问题,设计某些合适的策略去做筛选,如果该因子是热点,那是最好,如果不是,那也无妨,重点在于解决主要的科学问题。而且啊,基于你的主要科学问题筛选出来的因子或者因子集,说不定就是下次热点的关键因子呢,那不是赚大了(不是的话也不亏嘛),以不变应万变,才能始终掌握主动权。

(3)主要矛盾:科学假设

找到了关键因子NCOR2-013,下一个主要矛盾就是抽象出科学假设了。一般来说,我这领域的科学假设都可以抽象为:A——B——C,比如我的这个:A是病原体,C是巨噬细胞杀菌能力,B就是NCOR2-013,翻译过来就是A通过B实现C。证明过程应该也简单吧,控制变量法:变化A,检测B和C;变化B,检测C;注意哈,到这里还不能证明A通过B实现C,有可能A直接实现C,因此,还需要最后一步:把B损毁,改变A,C没变化(变化少了)。

回到我们的例子,科学假设就是:真菌(A)通过NCOR-013(B)降低巨噬细胞的杀菌能力(C)。其中C还可以扩展:巨噬细胞生产炎症因子的水平,因为大家都默认炎症因子高了,巨噬细胞的杀菌能力也强了(其实不太严谨哈)。

(4)主要矛盾:表型实验

就上面这个假设,大家觉得应该怎么设计实验呢?哪个实验最重要?部分同学吧,估计就是把真菌与巨噬细胞共培养,做了MOI和时间依赖性,提RNA,PCR检测NCOR2-013、细胞因子的表达,其实就是变化A,检测B和C。

但是吧,这貌似不是最重要的。真菌加进去后,NCOR2-013上调确实是得验证,但是这是基于RNA-seq筛选出来的,可信度其实还可以的,实在不放心,可以简单验证,注意我说的是简单验证,即是说只需要做一个时间点一个MOI即可。

最重要的是什么呢?那就是NCOR2-013跟巨噬细胞的杀菌能力是不是因果关系?如果人为提高或者降低NCOR2-013,巨噬细胞的杀菌能力都没有变化,那再做其他实验有何意义呢?因此,表型实验一般都是优先级最高的。啥是表型呢?在证据链最末尾那个元素一般就是,可以理解为最后要落地的东西。

不抓住主要矛盾,就是一顿操作猛如虎,一看战绩零杠五,钱也花了,时间也费了,最后的结果还不好,循环来几次,是个正常人也会emo。所以,有些童鞋做实验很勤快,996、007,但是进度缓慢的,可以从方法论上思考一下。我一直跟我们组的学生强调,不要一直埋头做实验,要经常跳出来多想,多思考,看看方向有没有错。又要拿出那句话了:战术的勤奋弥补不了战略的懒惰。

(5)主要矛盾:迭代假设

已经打通了A——B——C,即真菌通过NCOR2-013抑制巨噬细胞杀菌功能。那么就继续迭代假设,很简单,那就是:

① A如何打通B,即A——D(机制)——B,上游机制;

② B如何打通C,即B——E(机制)——C,下游机制;

这样,又可以拆分出新的“A——B——C”模式,那么,主要矛盾就在于:如何设计一些科学的策略去找出可能的机制?也就是我们第一步是如何找出NCOR2-013的,道理类似。

找到以后,假设得到迭代,那么,就进行实验的论证,方法同上。

以上,就是“抓住主要矛盾”在科研和实验中的重要作用,分析和抓住了它,过程会顺利很多,亲测有效。然而,仅仅抓住主要矛盾就行了嘛,肯定不行,同时还得兼顾次要矛盾。

(二)抓住主要矛盾,兼顾次要矛盾

任何东西走极端都是不好的,解决矛盾也是的。因为矛盾也是会发展的,如果仅仅关注主要矛盾,其他次要矛盾完全不管了,等到把主要矛盾解决(甚至都没解决),次要矛盾激化爆发成主要矛盾,局面就会很糟糕。

拿上面的例子来说吧,比如当前的主要矛盾是验证NCOR2-013与巨噬细胞抗菌能力的关系,那我们在集中精力做这个实验的时候,可以花点时间去研究:解决完这个问题后,用什么策略去解决下一个问题(也就是如何找NCOR2-013抑制巨噬细胞抗菌能力的具体机制),这就需要一种预判能力。

好处是什么呢?假如你把所有精力都放在主要矛盾的实验验证,不考虑后续,那么,一旦你解决完当前的问题。就会出现空档期,因为你完全不懂后面需要怎么做,时间就是这么浪费的。为什么有些童鞋做实验效率很高,因为他们的实验一个接着一个,丝滑链接,包括买试剂的时间都会算进去,安排的明明白白。所以,“抓住主要矛盾,兼顾次要矛盾”其实锻炼的是一种全局观,是一种以发展的眼光看问题的能力,具体我在“两种宇宙观”的时候再详细聊。

对此,教员也打过比方,干工作要十个指头弹钢琴:“弹钢琴要十个指头都动作,不能有的动,有的不动。但是,十个指头同时都按下去,那也不成调子。要产生好的音乐,十个指头的动作要有节奏,要互相配合。党委要抓紧中心工作,又要围绕中心工作而同时开展其他方面的工作。我们现在管的方面很多,各地、各军、各部门的工作,都要照顾到,不能只注意一部分问题而把别的丢掉。凡是有问题的地方都要点一下,这个方法我们一定要学会。钢琴有人弹得好,有人弹得不好,这两种人弹出来的调子差别很大。党委的同志必须学好“弹钢琴”。”

(三)如何找到主要矛盾

很多童鞋反馈哦,道理都懂,实践起来不懂从哪里开始。比如,找关键因子,什么策略,什么方法,一头雾水。

其实,方法也很简单,那就是:调查研究和实践。只有深入进去,有这方面的实践经验,而且还有意识去调查了解它各方面的联系,慢慢进行梳理,才能摸清什么因素是最关键的,它就是主要矛盾。

比如说,不懂找关键因子的策略和方法,那大概率是因为背景知识缺乏。解决方法也不难,找类似的文献,看看别人是怎么找的,抽象出共同点。针对用到的具体实验,去了解和掌握它的基本原理,搞清楚为什么能够基于这个原理实现筛选的目的,又如何用到你自己的实验。这些工作肯定是费时费力的,但是吧,要有这种认识:解决问题的方法不是拍脑袋想出来的,是在详细的调查研究中逐渐浮出水面的。躺在宿舍刷抖音,那永远也不会,即使给你抄作业也抄不明白。

这点教员在《反对本本主义》一文中重点阐述,那些著名论断都出自此篇:“没有调查就没有发言权”、“调查就是解决问题”,后续有机会再聊聊吧。

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好啦,主要矛盾和次要矛盾这部分就分享到这里,最后还剩下两种宇宙观(世界观),其实是一个很宏大的命题,感觉我hold不住,尽力而为吧。


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