PyMol作图：“Cartoon” + “Surface”

0. 起因

今天读文献的时候看到这张图⬇，顿时觉得很cool，是时候更新升级一下自己作图的技能了。

尤其是图A，乍一看应该是用PyMol做的图没跑了，看起来像是"Cartoon"和“Surface”两种模式结合在一起形成的。下面就是我走过的弯路

0.1 PyMol+PPT

其实我自己以前摸索过如何做出这种效果图，请教了我司的审美首席官，她给我的建议是用先PyMol生成Cartoon后，再用PPT中的“自由曲线”勾画出来，最后再用PPT中“编辑顶点”的方式不断细化。这可真是个good 爱迪鹅，我突出的腰椎间盘要对她说一声：酸Q，办法很好，下次不用了。

0.2 PyMol+PS

后来，用PyMol生成Cartoon后，我自己在PS中首先用“磁性套索工具”选中，然后在“编辑➡描边”中也实现了这种叠加效应。

不过都不及人家的高级啊。
于是，开搞~~

1. PyMol

参考了一下PyMolWiki中的Transparency，因为其他的像Cartoon、Sphere、Stick人家都有自带的设置透明度的命令。而Surface需要用这个全局的设置Transparency透明度的命令来调整。教程中的模板长这样⬇，是不是和上图效果如出一辙？！

所以只需要在PyMol中同时显示“Cartoon”和“Surface”，再调整整体的透明度即可。在PyMol的CML中输入以下命令。

bg_color white
show surface
set surface_color, deepblue
set transparency, 0.65

并且，还可以做到给不同片段设置不同的透明度和颜色。

set surface_color, purpleblue, i. 1-100
set transparency, 0.65, i. 1-100

如下图所示，是不是很酷？